X-Men : L'Affrontement final (2006)

En 2006, la société pharmaceutique Worthington a mis au point un « vaccin » permettant aux mutants de renoncer à leurs pouvoirs. Pour la première fois de leur histoire, un choix s'offre à eux : conserver leurs caractéristiques uniques mais également la méfiance de l'Humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des êtres humains normaux. Malicia fait partie des mutants qui veulent renoncer à leurs pouvoirs.

Scott Summers (Cyclope), très déprimé depuis la mort de Jean Grey, retourne à Alkali Lake. Jean lui apparaît soudain en sortant du lac, ses pouvoirs s'étant manifestement développés. Alerté par ses pouvoirs psychiques, le professeur Xavier envoie Wolverine et Tornade à Alkali Lake et les deux mutants retrouvent Jean Grey inconsciente mais vivante alors que Cyclope a disparu. Ils la ramènent au manoir des X-Men où le Professeur leur explique que Jean Grey a libéré, en se sacrifiant, la partie de son subconscient appelée « le Phénix ». Craignant sa puissance incontrôlable, il avait contenu le Phénix depuis de nombreuses années. Jean Grey, désormais contrôlée par le Phénix, s'échappe peu après du manoir.

Erik Lehnsherr / Magnéto, secondé par Pyro et Mystique, recrute quant à lui de nombreux mutants dans sa Confrérie afin de lutter contre la firme qui produit les vaccins anti-mutants. Il délivre notamment le Fléau et l'Homme-Multiple et s'entoure de mutants tels que Callisto, Psylocke, Spyke ou encore Arclight. Mais Mystique, touchée par un pistolet à aiguille, se fait inoculer le vaccin. Elle perd ses pouvoirs et Lehnsherr l'abandonne, malgré de longues années de loyaux services.

Bryan Singer, réalisateur de X-Men et X-Men 2, devait initialement réaliser le troisième épisode. Cependant, il s'était engagé avec Warner Bros. sur la mise en chantier de Superman Returns et, du coup, la 20th Century Fox préféra continuer sans lui et chercha un remplaçant. Les noms de Matthew Vaughn, Joss Whedon et Brett Ratner sont apparus. Finalement, Brett Ratner fut retenu pour réaliser le troisième épisode X-Men. Matthew Vaughn réalisera quant à lui X-Men : Le Commencement, la préquelle, en 2011.

Alan Cumming a refusé de reprendre son personnage de Diablo.

Pour le rôle de Warren Worthington III alias Angel, Nick Stahl et Mike Vogel étaient envisagés avant que Ben Foster n'obtienne le rôle. Pour le rôle de Kitty Pryde, Maggie Grace fut envisagée, mais les producteurs trouvaient qu'elle était trop âgée pour le rôle.

Beverley Mahood devait incarner Arclight, mais déclina le rôle après le refus de Bryan Singer de réaliser le film. Shabana Azmi et Tabu devaient incarner le Docteur Kavita Rao (l'assistante de M. Worthington).