The X Files, le film (1998)

En 35000, en pleine période glaciaire, dans le futur Texas du Nord, deux hommes des cavernes rencontrent une forme de vie extraterrestre dans une grotte, qui tue l'un et infecte l'autre avec une substance noire semblable à de l'huile.

En 1998, un garçon nommé Stevie tombe dans un trou en jouant avec ses copains. Il est rapidement infecté par l'huile noire qui s'échappe du sol. Les pompiers qui entrent dans le trou pour le secourir n'en ressortent pas. Une équipe d'hommes portant des combinaisons Hazmat contre les matières dangereuses extrait plus tard les corps du garçon et des pompiers.

Une semaine plus tard, une alerte à la bombe est lancée dans un bâtiment fédéral à Dallas, découvrent la bombe dans un immeuble de l'autre côté de la rue. Sous les ordres de l'agent spécial en charge Darius Michaud, Fox Mulder et Dana Scully font partie de l'enquête. Mulder peine à rester motivé depuis la fin du « bureau des affaires non classées ». Il parvient malgré tout à trouver par hasard l'engin, caché dans un distributeur de boissons, dans un autre immeuble voisin. Alors que le bâtiment est évacué, l'agent spécial chargé de l'opération, Darius Michaud reste, apparemment pour désamorcer la bombe. Cependant, il attend simplement que la bombe explose.

Dans les bureaux du FBI à Washington, D. C., les deux agents fédéraux sont réprimandés pour l'explosion car, outre Michaud et les millions de dollars de dégâts, trois pompiers et un jeune garçon sont morts lors de l'attentat. Mulder arrive en retard et conteste cette décision. Il tente de porter le chapeau pour protéger sa collègue, malgré l'opposition de Walter Skinner. De son côté, Dana Scully songe à démissionner pour reprendre ses activités médicales.

Après cinq saisons de X-Files : Aux frontières du réel, Chris Carter voulait raconter l’histoire de la série à une plus grande échelle, ce qui impliquait finalement de faire un long métrage. Il expliqua plus tard que le principal problème était de créer une histoire pour laquelle le spectateur n'aurait pas besoin de se familiariser avec le décor et les différents arcs narratifs de la série. Avec l'aide de Frank Spotnitz, il écrit la majeure partie du scénario à Hawaï à Noël 1996. Ils ont utilisé la même méthode que celle qu'ils avaient utilisée pour écrire les épisodes et dessiner les scènes de la série sur de petites fiches 3x5. À la fin des vacances de Noël, toute l’histoire du film était écrite. À son retour d'Hawaï, Chris Carter cherchait du temps libre pour écrire le scénario. Il est retourné à Hawaï et a écrit en dix jours environ la moitié du scénario de 124 pages du film.

Chris Carter présente 90 pages du scénario à la Fox. Sans avoir un accord officiel du studio, Chris Carter obtient un budget et commence à planifier le tournage. Chris Carter engage alors Daniel Sackheim comme producteur du film. Ce dernier avait produit l'épisode pilote de la série, Nous ne sommes pas seuls, et réalisé plusieurs épisodes au cours des deux premières saisons. Pour le poste de réalisateur, Chris Carter fait appel à Rob Bowman, producteur délégué et réalisateur de nombreux épisodes de la série.