X-Files : Régénération (2008)

Les agents du FBI Mosley Drummy et Dakota Whitney supervisent d'importantes recherches près de Somerset en Virginie-Occidentale, « guidés » par le père Joseph Fitzpatrick Crissman. Mosley Drummy approche Dana Scully, qui est désormais médecin dans un hôpital catholique, le Our Lady of Sorrows Hospital. Mosley Drummy lui demande de contacter Fox Mulder pour obtenir son aide. Scully se rend donc chez son ancien collègue des affaires non classés, qui vit en reclus depuis plusieurs années. Drummy souhaite que Mulder enquête pour le FBI concernant la disparition de plusieurs femmes en Virginie-Occidentale, dont Monica Bannan, une jeune agente du FBI disparue depuis quelques jours. Scully relaie cette demande à Mulder, qui vit désormais avec elle. D'abord réticent et amer envers les institutions fédérales, il finit par accepter. Mulder et Scully se rendent ainsi à Washington, D. C. où ils retrouvent l'agent Drummy. Ils rencontrent l'agent Dakota Whitney, chargée de l'enquête avec Drummy. Elle leur explique que Joseph Crissman, ancien prêtre démis de ses fonctions pour pédophilie, prétend que Dieu lui envoie des visions des crimes et que le FBI a retrouvé, d'après ses indications, un bras humain coupé qui était enterré. Mulder et Scully font ensuite la connaissance de « Père Joe », qui vit à Richmond dans un foyer de délinquants sexuels. Ils le questionnent sur ses prétendues visions.

Alors que Scully reprend ses activités auprès de ses patients, Mulder se rend sur le terrain avec les agents Mosley Drummy et Dakota Whitney. Tous les trois suivent le Père Joe qui prétend pouvoir retrouver une victime. Les agents fédéraux sont toujours sceptiques envers l'ancien homme d'église. Soudain, il s'agenouille dans la neige, prétendant que la victime était là.

En novembre 2001, les créateurs de la série télévisée décident de poursuivre l'aventure avec une deuxième adaptation cinématographique de la série, après le film de 1998. Chris Carter devait collaborer avec Frank Spotnitz, qui avait coécrit le premier film. La production du film devait commencer dès la fin de la saison 9 de la série télévisée, avec une sortie prévue en décembre 2003. En avril 2002, Chris Carter réitère son envie et celle du studio de faire un second film. Il prévoit d'écrire le scénario au cours de l'été pour débuter la production au printemps ou à l'été 2003, pour une sortie en 2004. La série s'achève initialement après la saison 9, diffusée jusqu'en mai 2002 à la télévision. En juillet 2002, Rob S. Bowman, réalisateur de The X-Files, le film et de plusieurs épisodes de la série, exprime son envie de faire un second film

En avril 2004, l'acteur David Duchovny déclare qu'il attend que la production du film commence, expliquant que Chris Carter avait approuvé l'idée : « Alors maintenant, il s'agit simplement de s'assurer que tout le monde puisse se réunir en même temps et le faire. » En novembre 2004, Chris Carter explique que le projet est en phase de négociation : « Parce qu'il s'agit d'une suite, il y a des types de négociations particulières et spécifiques qui nous freinent. » David Duchovny ajoute ensuite : « Mulder et Scully enquêtent sur un cas particulier qui n'a rien à voir avec la vie extraterrestre.